Metamorfoze heeft drie adviescommissies en twee selectiecommissies.
Er is een adviescommissie voor Archieven en Collecties, voor Kranten en voor Tijdschriften. Voor het Programma Indisch Erfgoed Digitaal en voor Slavernijverleden Digitaal is er een selectiecommissie.
De advies-/selectiecommissies beoordelen de projectaanvragen op inhoudelijke gronden en brengen advies uit aan Metamorfoze.